Pierwotnie był on siedzibą ojców Bernardynów. Ufundował go starosta olsztyński Joachim Ocieski. Erekcje klasztoru dnia 26 maja 1609 roku zatwierdził król Zygmunt III. Był to klasztor prowizoryczny, obecny murowany powstał później. Bernardyni przebywali w nim przez 225 lat, aż do roku 1864, kiedy zarządzeniem władz carskich klasztor uległ kasacie. Przez pięć lat klasztor zajmowało wojsko.

Trzydziestego sierpnia 1869 roku do klasztoru przybyły Dominikanki ze skasowanego klasztoru w Piotrkowie. Wówczas to w kościele umieszczono wizerunki świętych dominikańskich. Na dziedzińcu wybudowano dzwonnicę.

Siostry Dominikani Klauzurowe to gałąź wielkiego Zakonu Dominikańskiego. W Polsce istnieją obecnie dwa Klasztoru Sióstr Dominikanek Klauzurowych w Aleksandrówce i Krakowie.